はい、塩こうじを加熱すると、約60～70度程度で麹菌は死滅します。
発酵食品を食べるメリットは、麹菌を生きた状態で摂取することよりも、食品を発酵することで生成された人にとって有益な成分を摂取したり、消化しにくい成分を発酵することで消化吸収しやすい状態にして摂取することにあります。
ですので、煮たり焼いたりする加熱料理に塩こうじを使っていただいても発酵食品としてのメリットは得られますし、塩こうじを加熱せずに野菜と和えて漬物感覚で食べたり、お刺身などと和えてマリネ感覚で食べたりと、幅広いアレンジで美味しく楽しんでいただくことができます。