マナチュラは、水の量によって、純銀イオン水がつくれる時間が変わりますか？

いいえ、変わりません。
レギュラーペレットは一度に１リットルまでの水を、ミニペレットは一度に250mlまでの水を、１時間で純銀イオン化します。
指定量にに満たない水でマナチュラウォーターをつくる場合も１時間お待ちください。